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Advances in bivalve molluscs immune system: a genomic approach

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Advances in bivalve molluscs immune system: a genomic approach

Moreira Sanmartín, Rebeca
 
DATE : 2015-12-15
UNIVERSAL IDENTIFIER : http://hdl.handle.net/11093/521
UNESCO SUBJECT : 2510.92 Acuicultura Marina ; 2409 Genética ; 2412 Inmunología
DOCUMENT TYPE : doctoralThesis

ABSTRACT :

Identificación y estudio molecular, mediante PCR cuantitativa, pirosecuenciación y microarrays, de genes relacionados con la respuesta inmunitaria frente a patógenos y también frente a diferentes PAMPs (patrones asociados a patógenos): a) Recopilación y análisis de todas las ESTs que existen en la base de datos de almeja fina y almeja japonesa. Estudio de secuencias relacionadas con el sistema inmunológico. Se realizará una recopilación de todas las secuencias que existen en el Genbank de almeja fina y japonesa con el fin de realizar un envío masivo al Blast y proceder a su anotación. El objetivo de este trabajo es disponer de un registro de las secuencias de genes relacionados con la respuesta inmunitaria en almeja. Posteriormente se clasificarán estas secuencias según su función para evaluar su expresión mediante PCR cuantitativa frente a un estímulo bacteriano. b) Pirosecuenciación Con el fin de obtener una mayor cantidad de secuencias de almeja implicadas en la respuesta inmune, se llevará a cabo una pirosecuenciación de muestras de almeja, procedentes de ARN de hemocitos ... [+]
Identificación y estudio molecular, mediante PCR cuantitativa, pirosecuenciación y microarrays, de genes relacionados con la respuesta inmunitaria frente a patógenos y también frente a diferentes PAMPs (patrones asociados a patógenos): a) Recopilación y análisis de todas las ESTs que existen en la base de datos de almeja fina y almeja japonesa. Estudio de secuencias relacionadas con el sistema inmunológico. Se realizará una recopilación de todas las secuencias que existen en el Genbank de almeja fina y japonesa con el fin de realizar un envío masivo al Blast y proceder a su anotación. El objetivo de este trabajo es disponer de un registro de las secuencias de genes relacionados con la respuesta inmunitaria en almeja. Posteriormente se clasificarán estas secuencias según su función para evaluar su expresión mediante PCR cuantitativa frente a un estímulo bacteriano. b) Pirosecuenciación Con el fin de obtener una mayor cantidad de secuencias de almeja implicadas en la respuesta inmune, se llevará a cabo una pirosecuenciación de muestras de almeja, procedentes de ARN de hemocitos estimulados in vitro durante 3 horas con CpG, péptido-glicano, LPS, glucanos, polyI:C, ácido lipoteicoico y bacteria (Vibrio) muerta. Esperamos que el estudio obtenga como resultado un gran número de secuencias nuevas, de las que una gran cantidad estarán relacionadas con el sistema inmunitario de estos moluscos bivalvos, al haber usado un tejido específicamente inmunitario: los hemocitos. c) Microarray de almeja Con las secuencias resultantes de la pirosecuenciación se diseñará un microarray 8x15. Los microarrays se usan para estudiar la expresión de una gran cantidad de genes, en este caso 15.000, y encontrar aquellos que se expresen diferencialmente según las condiciones a las que se sometan las almejas. En este caso se estudiará el estado fisiológico e inmunológico de los hemocitos de almeja después de haberlos sometido a un estímulo bacteriano durante un curso de tiempo. [-]
 
Identificación e estudio molecular, mediante PCR cuantitativa, pirosecuenciación e microarrays, de xenes relacionados coa resposta inmunitaria frente a patóxenos e tamén frente a diferentes PAMPs (patróns asociados a patóxenos): a) Recopilación e análise de tódalas ESTs que existen nas bases de datos de ameixa fina e ameixa xaponesa. Estudio das secuencias relacionadas co sistema inmunolóxico. Realizarase unha recompilación de tódalas secuencias que existen no Genbank de ameixa fina e xaponesa co fin de realizar un envío masivo ó Blast e proceder á súa anotación. O obxectivo deste traballo é dispoñer dun rexistro das secuencias de xenes relacionados coa resposta inmunitaria en ameixa. Posteriormente clasificaranse estas secuencias segundo a súa función para evaluar a súa expresión mediante PCR cuantitativa contra un estímulo bacteriano. b) Pirosecuenciación Co fin de obter unha maior cantidade de secuencias de ameixa implicadas na resposta inmunitaria, farase unha pirosecuenciación de mostras de ameixa, procedentes de ARN de hemocitos estimulados in vitro durante 3 horas con ... [+]
Identificación e estudio molecular, mediante PCR cuantitativa, pirosecuenciación e microarrays, de xenes relacionados coa resposta inmunitaria frente a patóxenos e tamén frente a diferentes PAMPs (patróns asociados a patóxenos): a) Recopilación e análise de tódalas ESTs que existen nas bases de datos de ameixa fina e ameixa xaponesa. Estudio das secuencias relacionadas co sistema inmunolóxico. Realizarase unha recompilación de tódalas secuencias que existen no Genbank de ameixa fina e xaponesa co fin de realizar un envío masivo ó Blast e proceder á súa anotación. O obxectivo deste traballo é dispoñer dun rexistro das secuencias de xenes relacionados coa resposta inmunitaria en ameixa. Posteriormente clasificaranse estas secuencias segundo a súa función para evaluar a súa expresión mediante PCR cuantitativa contra un estímulo bacteriano. b) Pirosecuenciación Co fin de obter unha maior cantidade de secuencias de ameixa implicadas na resposta inmunitaria, farase unha pirosecuenciación de mostras de ameixa, procedentes de ARN de hemocitos estimulados in vitro durante 3 horas con CpG, péptido-glicano, LPS, glucanos, polyI:C, ácido lipoteicoico e bacteria (Vibrio) morta. Esperamos que o estudio resultará nun gran número de secuencias novas, especialmente relacionadas co sistema inmunitario destes moluscos bivalvos ó usar un tecido específicamente inmunitario como os hemocitos. c) Microarray Con estas secuencias resultantes da pirosecuenciación deseñarase un microarray 8x15. Os microarrays son ferramentas que se usan para estudiar a expresión dunha gran cantidade de xenes, neste caso 15.000, e atopar aqueles que se expresen diferencialmente segundo as condicións ás que se sometan as ameixas. Neste caso estudiarase o estado fisiolóxico e inmunolóxico dos hemocitos de ameixa logo de habelos sometido a un estímulo bacteriano durante un curso de tempo. [-]

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