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Sensitivity of phylogenomic inference to the design of NGS target enrichment in non-model organisms

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Sensitivity of phylogenomic inference to the design of NGS target enrichment in non-model organisms

Escalona Fermin, Merly Mayela
 
DATE : 2018-05-28
UNIVERSAL IDENTIFIER : http://hdl.handle.net/11093/991
UNESCO SUBJECT : 1203.26 Simulación ; 2415 Biología Molecular ; 2409 Genética
DOCUMENT TYPE : doctoralThesis

ABSTRACT :

Different genomic capture and bioinformatics workflows have been proposed in order to assemble massive data sets for phylogenomic and phylogeographic analysis. Among these, hybrid anchored enrichment (HAE) promises the efficient obtention of thousands of homologous genomic regions across hundreds of individuals. However, the efficiency of this approach, or the influence of the different conditions along this complex pipeline, is not clear. Here we propose the use of both empirical data and in silico simulations to explore the sensitivity of phylogenomic inferences -in particular, of the species-tree- from closely related species to variations of the HAE strategy. All the analyses will be carried in the context of the evolutionary radiation of marine snail species of the genus Trovaoconus, endemic to the Cape Verde archipelago, for which genomic data is already being produced in our lab.
 
En los últimos años se han propuesto diversas estrategias de capturas genómica y flujos de trabajo bioinformáticos para ensamblar conjuntos de datos masivos de cara al análisis filogenómico y filogeográfico. Entre estas estrategias, hybrid anchored enrichment (HAE) promete la obtención eficiente de miles de regiones genómicas homólogas en cientos de individuos. Sin embargo, la eficiencia de esta aproximación, así como la influencia de diversas variables a lo largo de este flujo de trabajo, no está clara. En este tesis proponemos el uso de datos empíricos y simulados para explorar la sensibilidad de la inferencia filogenómica, en particular del árbol de especies, a partir de especies estrechamente relacionadas a distintas variantes de HAE. Todos los análisis serán llevados a cabo en el contexto de la radiación evolutiva del caracol marino del género Trovaoconus, endémico del archipiélago de Cabo Verde, para la cual se están produciendo ya datos genómicos en nuestro laboratorio.
 
Nos últimos anos propuxéronse diversas estratexias de capturas xenómica e fluxos de traballo bioinformáticos para ensamblar conxuntos de datos masivos de face á análise filoxenómico e filoxeográfico. Entre estas estratexias, hybrid anchored enrichment (HAE) promete a obtención eficiente de miles de rexións xenómicas homólogas en centos de individuos. Con todo, a eficiencia desta aproximación, así como a influencia de diversas variables ao longo deste fluxo de traballo, non está clara. Nesta tese propomos o uso de datos empíricos e simulados para explorar a sensibilidade da inferencia filogenómica, en particular da árbore de especies, a partir de especies estreitamente relacionadas a distintas variantes de HAE. Todas as análises serán levados a cabo no contexto da radiación evolutiva do caracol mariño do xénero Trovaoconus, endémico do arquipélago de Cabo Verde, para a cal se están producindo xa datos xenómicos no noso laboratorio.

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